دوره 30، شماره 10 - ( دی 1401 )
جلد 30 شماره 10 صفحات 5299-5290 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Ethics code: IR.IAU.KAU.REC.1400.142
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Alipour M, Moghanibashi M, Naeimi S. Bioinformatics Identification of miRNA-mRNA Regulatory Network Contributing Primary Lung Cancer. JSSU 2023; 30 (10) :5290-5299
URL: http://jssu.ssu.ac.ir/article-1-5711-fa.html
URL: http://jssu.ssu.ac.ir/article-1-5711-fa.html
علیپور مرضیه، مغنی‌باشی مهدی، نعیمی سیروس. شناسایی بیوانفورماتیکی شبکه تنظیمی miRNA-mRNA مرتبط با سرطان ریه اولیه. مجله علمي پژوهشي دانشگاه علوم پزشكي شهید صدوقی يزد. 1401; 30 (10) :5290-5299
چکیده: (366 مشاهده)
مقدمه: در اقدامات بالینی، تمایز تومورهای تهاجمی ریه از تومورهای اولیه همچنان به عنوان یک چالش باقی‌مانده است. با پیشرفت‌های اخیر در درک تغییرات بیولوژیک تومورزایی و فن‌آوری‌های تحلیلی مولکولی، استفاده از این تغییرات ملکولی می‌تواند به عنوان نشانگر زیستی بسیار حساس و اختصاصی برای طبقه‌بندی بیماران باشد. در این مطالعه شبکه ملکولی miRNA-mRNA مرتبط با سرطان ریه اولیه با رویکرد بیوانفورماتیکی مورد ارزیابی قرار گرفته است.
روش بررسی: در این مطالعه تحلیلی- مشاهده‌ای، پروفایل بیانی ژنهای بیماران مبتلا به سرطان ریه اولیه از دادههای RNAseq در پایگاه داده اطلس ژنوم سرطان (TCGA)، توسط پکیج TCGAbiolinks تهیه شد. با استفاده از پکیجهای edgeR و limma در نرمافزار R، ژن‌هایی با بیان غیر اختصاصی فیلتر شدند و mRNAها و miRNAها با اختلاف بیان معنی‌دار بین نمونه‌های توموری و نمونه‌های سالم ذخیره شدند و با کمک دو پایگاه TargetScan و miRWalk، اهداف آن‌ها پیش‌بینی شد. متعاقباً، شبکه تنظیم‌کننده تعامل miRNA-mRNA با استفاده از نرمافزار Cytoscape به تصویر کشیده شد.
نتایج: با تجزیه و تحلیل شبکه miRNA-mRNA مشخص شد که، 7 miRNA شامل؛ hsa-miR-373-3p، hsa-let-7a-5p، hsa-miR-23b-3p، hsa-miR-152-3p، hsa-miR-216a-3p، hsa-miR-106-5p و hsa-let-7i-5p و 6 miRNA شامل؛ has-miR-107، has-miR-17-5p، has-185-5p، has-miR-34a-5p، has-miR-130a-5p و has-96-5p به ترتیب تنظیم‌کننده mRNAهایی که در سرطان ریه اولیه افزایش و کاهش بیان داشته‌اند، می‌باشند.
نتیجه‌گیری: این مطالعه بیوانفورماتیکی یک شبکه ملکولی miRNA-mRNA مرتبط با سرطان ریه اولیه را پیشنهاد می‌کند که می‌تواند به عنوان نشانگرهای پیش آگهی به غربالگری و اهداف درمانی جدید سرطان ریه اولیه کمک کند.
روش بررسی: در این مطالعه تحلیلی- مشاهده‌ای، پروفایل بیانی ژنهای بیماران مبتلا به سرطان ریه اولیه از دادههای RNAseq در پایگاه داده اطلس ژنوم سرطان (TCGA)، توسط پکیج TCGAbiolinks تهیه شد. با استفاده از پکیجهای edgeR و limma در نرمافزار R، ژن‌هایی با بیان غیر اختصاصی فیلتر شدند و mRNAها و miRNAها با اختلاف بیان معنی‌دار بین نمونه‌های توموری و نمونه‌های سالم ذخیره شدند و با کمک دو پایگاه TargetScan و miRWalk، اهداف آن‌ها پیش‌بینی شد. متعاقباً، شبکه تنظیم‌کننده تعامل miRNA-mRNA با استفاده از نرمافزار Cytoscape به تصویر کشیده شد.
نتایج: با تجزیه و تحلیل شبکه miRNA-mRNA مشخص شد که، 7 miRNA شامل؛ hsa-miR-373-3p، hsa-let-7a-5p، hsa-miR-23b-3p، hsa-miR-152-3p، hsa-miR-216a-3p، hsa-miR-106-5p و hsa-let-7i-5p و 6 miRNA شامل؛ has-miR-107، has-miR-17-5p، has-185-5p، has-miR-34a-5p، has-miR-130a-5p و has-96-5p به ترتیب تنظیم‌کننده mRNAهایی که در سرطان ریه اولیه افزایش و کاهش بیان داشته‌اند، می‌باشند.
نتیجه‌گیری: این مطالعه بیوانفورماتیکی یک شبکه ملکولی miRNA-mRNA مرتبط با سرطان ریه اولیه را پیشنهاد می‌کند که می‌تواند به عنوان نشانگرهای پیش آگهی به غربالگری و اهداف درمانی جدید سرطان ریه اولیه کمک کند.
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
