fa بررسی پروتئین‌های مهم در ایجاد عفونت به‌واسطه ویروس نیل غربی در سلول‌های رنگدانه‌دار شبکیه زیست شناسی Biology پژوهشي Original article <div style="text-align: justify;"><span style="font-size:14pt"><span style="line-height:18.0pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span b="" nazanin="" style="font-family:"><span style="color:black"><b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt">مقدمه:</span></b> <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d">ویروس نیل غربی عفونتی بوده که از طریق بندپایان خونخوار منتقل می‌شوند. تظاهرات چشمی یکی از ویژگی‌های عفونت ویروس نیل غربی است. آن‌ها بیشتر در ارتباط با بیماری عصبی شدید رخ می‌دهند. در این مطالعه با استفاده از آنالیز بیوانفورماتیک به بررسی و کاندید نمودن ژن‌های موجود در مسیرهای وابسته به عفونت ویروس نیل غربی در شبکیه چشم پرداختیم.</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:14pt"><span style="line-height:18.0pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span b="" nazanin="" style="font-family:"><span style="color:black"><b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt">روش بررسی:</span></b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"> در این مطالعه با استفاده از روش‌های بیوانفورماتیک و با مراجعه به پایگاه داده </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">GEO</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"> دیتاست مناسب برای آنالیز انتخاب گردید. این دیتاست شامل پروفایل بیان ژنی در عفونت ویروس نیل غربی با سلول‌های رنگدانه‌ای شبکیه بود. کلاسترهای ژنی با بیان بالا و پایین دسته‌بندی شدند. برای ارزیابی دقیق‌تر داده از پایگاه‌های داده غنی همچون </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Enrichr</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt">، </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">STRING</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"> و </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Networkanalyst</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"> استفاده شد. ژن‌های کاندید شده را جدا نمودیم و ارتباط پروتئینی</span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="letter-spacing:-.1pt"> آن با استفاده از نرم‌افزار </span></span><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="letter-spacing:-.1pt">cytoescape</span></span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="letter-spacing:-.1pt"> ورژن 3.7.1</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"> سنجیده شد. مقادیر به‌دست آمده که </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">P˂0.05</span></span><span style="font-size:12.0pt"> به عنوان داده</span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">‌</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt">های معنی‌دار انتخاب شد.</span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:14pt"><span style="line-height:18.0pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span b="" nazanin="" style="font-family:"><span style="color:black"><b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt">نتایج:</span></b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"> 830 ژن با بیان بالا و 500 ژن با بیان پایین در مسیرهای پیشرفت عفونت ویروسی نیل غربی در چشم نقش دارند. مسیر‌های آپوپتوز، نکروپتوزیس، اتوفاژی </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">AMPK</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"> و </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">MAPK</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"> به‌صورت بارزی مشاهده شدند. پس از ارزیابی ارتباط بین شبکه‌های پروتئینی، </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">RIPK1</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt">،</span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""> STAT1/3</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"> و </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">JAK2</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"> افزایش بیان و ژن‌های </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">GSK3B</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt">،</span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""> MAPK8</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"> و </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">TSC2</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"> کاهش بیان داشتند. </span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:14pt"><span style="line-height:18.0pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span b="" nazanin="" style="font-family:"><span style="color:black"><b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt">نتیجه‌گیری:</span></b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"> مطالعه حاضر نشان داد که پروتیئن‌ها و ژن‌های مهمی در تقویت التهاب ویروس نیل غربی در شبکیه چشم نقش عمده‌ای داشته که از میان آن‌ها </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">RIPK1</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt">، </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">TSC2</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt">، </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">STAT1</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"> و&nbsp; </span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">JAK2</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"> نقش بارزتری را در این مسیر نشان دادند.</span></span></span></span></span></span></span><br> &nbsp;</div> <div style="text-align: justify;"><span style="font-size:14pt"><span style="line-height:18.0pt"><span style="unicode-bidi:embed"><span b="" nazanin="" style="font-family:"><span style="color:black"><b><span style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Introduction:</span></span></b> <span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">West Nile virus is an infection transmitted through blood-sucking arthropods.</span></span> <span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Ocular manifestations are one of the characteristics of West Nile virus infection.</span></span> <span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">They occur mostly in connection with severe neurological disease.</span></span> <span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">In this study</span></span><span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:12.0pt">،</span><span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""> using bioinformatics analysis</span></span><span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:12.0pt">،</span><span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""> we investigated and identified the genes in the pathways related to West Nile virus infection in the retina.</span></span><span style="font-size:11.0pt"><span style="font-family:"Times New Roman",serif"></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:14pt"><span style="line-height:18.0pt"><span style="unicode-bidi:embed"><span b="" nazanin="" style="font-family:"><span style="color:black"><b><span style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Methods:</span></span></b> <span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">In this study, using bioinformatics methods and referring to the GEO dataset, the appropriate dataset was selected for analysis. This dataset included gene expression profiles in West Nile virus infection with retinal pigment cells.</span></span> <span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Gene clusters with high and low expression were categorized.</span></span> <span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">For more accurate data evaluation, &nbsp;databases such as Enrichr</span></span><span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:12.0pt">،</span><span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""> STRING and Network analyst were used. The candidate genes were isolated and their protein relationship was also measured </span></span><span style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">using cytoescape software version 3.7.1</span></span><span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">. The obtained values with P-Value˂0.05 were selected as significant data.</span></span> <span style="font-size:11.0pt"><span style="font-family:"Times New Roman",serif"></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:14pt"><span style="line-height:18.0pt"><span style="unicode-bidi:embed"><span b="" nazanin="" style="font-family:"><span style="color:black"><b><span style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Results:</span></span></b><b> </b><span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">The number of</span></span> <span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">830 genes with high expression and 500 genes with low expression was involved in the development pathways of West Nile virus infection in the eye.</span></span> <span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Apoptosis</span></span><span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:12.0pt">،</span><span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""> necroptosis</span></span><span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:12.0pt">،</span><span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""> AMPK and MAPK autophagy pathways were clearly observed.</span></span> <span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">After evaluating the relationship between protein networks</span></span><span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:12.0pt">،</span><span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""> RIPK1</span></span><span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:12.0pt">،</span><span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""> STAT1/3 and JAK2 increased expression and GSK3B</span></span><span dir="RTL" lang="FA" style="font-size:12.0pt">،</span><span lang="EN" style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""> MAPK8 and TSC2 genes had decreased expression.</span></span><span style="font-size:11.0pt"><span style="font-family:"Times New Roman",serif"></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:14pt"><span style="line-height:18.0pt"><span style="unicode-bidi:embed"><span b="" nazanin="" style="font-family:"><span style="color:black"><b><span style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Conclusion:</span></span></b><b> </b><span style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">The present study showed that important proteins and genes played a major role in strengthening West Nile virus inflammation in the retina, among which RIPK1,TSC2,</span></span> <span style="font-size:11.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">STAT1 and JAK2 showed a more prominent role in this pathway.</span></span><span style="font-size:11.0pt"><span style="font-family:"Times New Roman",serif"></span></span></span></span></span></span></span><br> &nbsp;</div> ویروس نیل غربی, پروفایل بیان ژن‌, آنالیز بیوانفورماتیک, سلول‌های رنگدانه‌دار شبکیه West Nile Virus, Gene Expression Profile, Bioinformatics Analysis., Retinal Pigment Cells. 7459 7470 http://jssu.ssu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-4882-2&slc_lang=fa&sid=1 Reza Hosseinzadeh رضا حسین زاده kamyabaghaz@gmail.com 0000-0002-5634-8643 No Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Islamic Azad University, Islamshahr Branch of Islamic Azad University, Islamshahr, Tehran, Iran. گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد اسلامشهر دانشگاه آزاد اسلامی، اسلامشهر،تهران، ایران. Mahnaz Mohammadi مهناز محمدی mh_mohamadi@yahoo.com 0000-0002-3376-2162 No Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Islamic Azad University, Islamshahr Branch of Islamic Azad University, Islamshahr, Tehran, Iran. گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد اسلامشهر دانشگاه آزاد اسلامی، اسلامشهر،تهران، ایران. Saba Taheri صبا طاهری sabataheri@yahoo.com 0000-0001-7596-614x Yes Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Islamic Azad University, Islamshahr Branch of Islamic Azad University, Islamshahr, Tehran, Iran. گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد اسلامشهر دانشگاه آزاد اسلامی، اسلامشهر،تهران، ایران.